林肯的命令迫使麦克莱伦做出决策，同时也揭示了两个人在作战策略方面存在着巨大的分歧。麦克莱伦反对直接进攻驻扎在马纳萨斯的邦联军队，认为这一行动会重蹈布尔朗战役的覆辙。可是，林肯认为联邦军应该进攻邦联的军事力量，重点在于直接打击军队，而不是攻城略地。在策略方面的根本分歧造成两个人无法处理好关系，因为麦克莱伦拒绝与对手正面交锋，而林肯私下里则大为恼火。唐纳德指出：

在接下来几个月里，麦克莱伦将军极力在自己的权力范围内促使大家接受他制定的策略，总统则总是在拖他的后腿。出于自我沉醉和无动于衷的个性，麦克莱伦似乎完全没有意识到，在一个民主社会冲，军事指挥官要听命于人民的权威，而且他觉得自己根本没有必要事事向总统汇报，更不用说听取总统的建议。而对林肯来说，由于自己并非军事专家，所以也就不太愿意直接地干预军事问题，他没有能够让麦克莱伦理解，当他给出一项建议时，他其实是希望后者当做命令来执行。这种相互之间的不信任使得其都没有被抓住任何赢得军事成功的机会。

林肯撤了麦克莱伦的总指挥职务，但后来又让其官复原职。当联邦军节节溃败，李将军的军队又一次几近兵临首府华盛顿城下之际，林肯又转而寻求麦克莱伦的帮助。唐纳德这样写道：

对这位将军，林肯并不抱任何幻想；他意识到麦克莱伦是“军队中最危言耸听的人，总是搅乱各种作战计划”，嘲讽他“软弱无能，牢骚满腹，模棱两可，乱发指令”，并且认为他没有用好波普（联邦军中的一名将军，在马纳萨斯战役中被任命为麦克莱伦的助理）的错误是不可原谅的。但是，林肯也知道麦克莱伦是一位出色的组织者和高效率的策划者。但是，同样重要的是，他意识到只有重新启用麦克莱伦才能重振驻扎在波多马克河的军队的萎靡士气。

林肯的顾问中几乎没有一个人赞同重新启用麦克莱伦这一决定，他们认为这位将军是无能的。麦克莱伦确实取得了安提塔姆战役的胜利，但他当时却没能乘胜追击李将军及其率领的邦联军队。为此深感失望的林肯也怀疑麦克莱伦是否全力效忠于联邦的事业，因此在1861年11月就用安布罗斯·伯恩赛德替代了麦克莱伦。

那么，麦克莱伦为什么一败至此呢？詹姆斯·麦克皮尔森推测，当时领导波多马克河军队的麦克莱伦和其他将军们被来自媒体的关注和来自华盛顿的政府审查给吓坏了，因而前怕狼后怕虎，不敢冒一丝风险。也有人认为麦克莱伦在政治上是反对林肯的，个性上也与林肯合不来；他总是说总统是“傻瓜一个”，“一个心地不坏的乡野之人”，或者“尚未开化的大猩猩”，而且，身为民主党人，麦克莱伦总是喜欢对林肯政府指指点点，从《废奴宣言》到总统对军事活动细节的干预。就麦克莱伦这个案例而言，团队中有一个对手显然并没有给林肯带来任何好处，反而拖了后腿，延误了时机，代价惨重。

那么，林肯从麦克莱伦身上究竟看到了什么呢？他可能会认为这个年轻的将军是美国军队的未来和希望所在。怀特指出：“他似乎从这个年轻人身上看到了潜力，希望后者能够有所历练。”更可能的情况是，林肯看到了麦克莱伦和手下士兵之间的良好关系。正是因为麦克莱伦有能力吸引到一大批忠诚、善战的士兵，林肯才选择了他，而重新启用他的主要原因则为了提振军队的士气。

麦克莱伦确实是一个极受人欢迎的将军。林肯第一次免除了他的职务在军队里引发了轩然大波。当麦克莱伦被解职的流言不胫而走时，士兵们成群结队地走出自己的营地，在首都的大街上转悠，像没头苍蝇一般。1861年9月，当林肯重新启用麦克莱伦时，他的士兵们欢呼雀跃，口口相传—他们的“小麦克”回来了。历史学家威廉姆·马弗尔指出，联邦军士兵的大多数都十分同情麦克莱伦保守的政治立场，也认同他有条不紊的作战风格。