在林肯竞选参议员和总统的过程中，奴隶制这一问题一直都有。过去的辉格党和一些认为首都华盛顿的政治己经被南方种植园主垄断了的民主党人一起创立了新的共和党，该党于1854年初开始酝酿温和的反奴隶制立场。除了最激进的人以外，所有人都认为奴隶制需要被遏制，而不是被消灭；他们认为，如果能够阻止奴隶制的蔓延，那么它最终会消亡。这一遏制政策受到了《堪萨斯一内布拉斯加法案》的直接挑战。该法案是由伊利诺伊州参议员斯迪芬·道格拉斯提出的，允许这两个新地区的人民自己决定堪萨斯和内布拉斯加是做蓄奴州还是做自由州。这一法案遭遇到了强烈的反对，但是它在众议院和参议院都被通过了，于1854年5月22日正式签署生效，成为法律。结果，原先在蓄奴州和自由州之间形成的原本就比较脆弱的相互妥协状态被打破了，于是奴隶制成了全美上下激烈争辩的焦点。

1858年当林肯和道格拉斯一起竞选参议员的时候，奴隶制已经成为举世闻名的林肯对道格拉斯的辩论的核心话题。在双方进行的七次辩论中，林肯和道格拉斯逐渐亮出了各自的立场。林肯表达了他对《独立宣言》的信仰，认为该宣言建立了整个国家努力争取达到的基准：“所有人都是生而平等的……我要说……我们要尽最大努力接近它（指上述基准）。”相反，道格拉斯则坚持认为，各州有权自己决定奴隶制是对还是错。

林肯并不支持直接废除奴隶制（激进的共和党人支持这样做）；他认为，那些己经实行了奴隶制的州受宪法的保护。林肯的主要考虑是如何控制奴隶制不蔓延到新的州，这一立场得到了温和的共和党人和大多数北方民主党人的支持。但是，因为林肯根据《独立宣言》的说法——“所有人都是生而平等的”——来跟道格拉斯辩论，他在双方的观点之间建立了明确的道德界限。尽管林肯同时代很少有人会为种族平等辩护，但是林肯指出，道格拉斯对于“黑人也是人这一点并没有留下特别真切的印象；因而他也不会认识到，为黑人立法事关任何道德问题”。真正将林肯的立场与其同时代的其他温和派共和党人的立场区别开来的是其“充满了道德义愤感的口吻”，是其将奴隶制看做是“令人震惊的罪恶”的信念。

尽管林肯有其个人的信念，但是他仍然得继续应对当时的政治环境。在面对道格拉斯的质问时，他再次明确，他并不“主张努力促成白人和黑人在社会和政治方面的平等”，而且他也不“主张在黑人和白人之间真正形成一种完美平等，包括社会方面和政治方面的平等”。在19世纪50年代，只有最激进的人才会主张让各个种族实现平等。但是，到内战发生的时候，一些共和党人指责林肯总统不向奴隶制宣战，他们认为奴隶制是战争的根源。宾西法尼亚州共和党人撒迪厄斯·斯蒂文斯和其他很多人要求林肯打击奴隶制；法兰西斯·博德也慨叹：“现在，解开奴隶锁链的钥匙在白宫那里。”

尽管林肯个人的观念非常接近其批评者的观念，但是身为总统和三军统帅的他不得不像走钢丝绳那样去平衡主战的不同政治支持群体。在肯塔基、马里兰和密苏里等边境各州，情况极为危急，尽管这些州仍然属于联邦，但是它们都拥护维持奴隶制的现状。林肯必须谨小慎微，因为任何废除奴隶制的举动都可能导致上述诸州脱离北方，投向邦联。林肯不禁感叹：“连这些州都反对我们，我们的任务实在是太艰难了。”

激进的共和党人还是认为奴隶问题对战争的结果是非常重要的，因为奴隶直接参与南方作战，同时还为南方军队提供后勤保障。因此，激进派指出对奴隶制的攻击会进一步推动保卫联邦的国家政策。

当伊利诺伊民主党人莱曼·特朗布尔要求立法来解放所有奴隶时，这一问题变得公开化了。当时关于如何处理那些从种植园主那里逃脱后加入联邦军队的逃亡奴隶，群情激奋。1850年通过的《逃亡奴隶法案》当时仍然有效，该法案要求将脱逃的奴隶交还给他们原先的主人。北方人开始认为这些逃奴作为“偷入北军战线的黑奴”事实上可以被用来颠覆联邦的事业，林肯和其他人则不得不考虑如何对待这些逃奴。将他们归还给原先的奴隶主似乎没有什么问题，但是特朗布尔全面解放奴隶的提议则让一些北方人深感忧虑，因为他们的种族态度与当时社会上的主流态度是一致的：黑人和白人在社会上是不平等的，而且永远也不会平等。